除了誤治的因素，深入考察，疾病可以從身、心、性三個層面尋找原因，藥物及其他醫療方法往往只能作用於身的層面，很難對心性原因造成的疾病產生根本的作用。
從深層看，秉性會對心理投下陰影，心理會對身體產生影響。秉性發作會導致情志失常，情志失常會導致氣血逆亂。氣血逆亂會造成身體經脈髒腑功能的失調，這樣身體就產生了疾病。如果單純在氣血層面進行藥物或其他醫療手段的干預，顯然無法解決根本的問題。因為心理陰影尚未清除，秉性隨時可能發動。這樣即使用藥物暫時糾正了經脈氣血運行的偏差，仍舊無法避免秉性投下的心理陰影對身體經脈髒腑氣血運行所造成的新的破壞。這時我們就不得不把目光投向久已被我們忽略的心性產生的問題了。
首先，要明確一個認識。我們所能感受到的身心以及外界的一切境界，都是我們過去的身口意所造就的業因成熟的結果。也就是說，現在我們所能受到的一切都是自己種下的因，並隨著外界緣的成熟而結成的果，一切所受都是自食其果。
其次，還要了解一個規律。你對外界產生的影響最終還會以相同的方式加倍返還到你的身心，一切都是出爾反爾。
再次，要明白一個現象。你的內心對外界的態度和觀感，會以性質相同的影響反作用於你的境遇，並不斷使這種觀感加強且更加強烈地影響到你的境遇。
疾病對於你來說當然算是一種強烈的感受，也算一種境遇。它的來源自然也超不出上述三種情況，我們要想改變它的狀態和性質，就要從形成它的原因的反面去找治療的方法。
第一，身口意三業所造的疾病，只有與之相反對等的身口意的清淨業方能消除，忏悔也可以視作與身口意造作的惡業相反的清淨業，但如不與空性相應，則難以產生徹底的根除力量，不如與造病的身口意相反的清淨身口意業更能直接消除惡果。如殺生所造成的疾病報，忏悔會產生一定的消解作用，但不如放生的力量更大，最徹底的放生莫過不食眾生肉。惡口造成的疾病報，忏悔的力量也不如清淨的口業更能直接改變惡口所造成的惡果。
第二，由於外界的影響產生的疾病，來源於你對外界產生的不良影響，改變這種不良影響，進而對外界產生正面良好的影響，是徹底消除這種不良影響所造成的疾病的根本方法。如對花果樹木的破壞反過來會影響到你的肝髒以及筋脈，對空氣的污染會影響到你的肺髒、皮膚及呼吸。愛護花果樹木，保護環境，隨時隨地清除污染，這些行為是治愈因破壞外界環境所造成的各種疾病的徹底解決方法。
第三，由於你對外界的態度與觀感產生的疾病，屬於心理與性理的范疇。可以表現為心理方面的喜、怒、憂、思、悲、恐、驚等七種情志，或性理方面的怒、恨、怨、惱、煩等五種秉性。心性因素產生的疾病只有與這種令你產生疾病的性質相反的態度和觀感才能消除。如對你看不慣的人或事改變看法，由過去的看不好的一面，轉變為看好的一面，如王善人所說的找好處；徹底認清並改變你內心的不良心理傾向，如變嫉妒為欣賞，變嘲弄為贊許，變幸災樂禍為悲天憫人，等等。當然，先要認不是才能進而改正，所謂從哪裡摔倒，還要從哪裡爬起來。
最後介紹三種很有力量的可以輔助消除疾病並改善一切境遇的心理銘印：一種是祝願。祝願是把自己最良好的心願拿出來與外界眾生分享，這種祝願可以針對不同方面，如祝願平安，祝願健康，祝願長壽，祝願富足等等。良好的祝願可在清晨進行，以與天地的生長之氣相應。
一種是道歉。道歉是針對因自己的身語意的行為給外界的人或事造成的不如意及阻礙，認錯並祈求寬恕。這種道歉可以是內心的自訟，能公開向受害者表達出來當然更好。道歉可以隨時隨地進行，如曾子的每日三省，王善人的隨時認自己的不是。但最適宜的時間還是下午三五點之間，因為此時正與秋氣的嚴肅自律性相應。與嚴格律己對應的還有寬恕待人，但因對人的觀感實際上來源於自己過去的行為與感受，一切外界的個人都被視為空性的存在，並非問題制造者與責任人，嚴格律己之中也就自然包括寬以待人了。一種是感恩。感恩是對身心所受的外界所給予的一切良善美好的東西發自內心的由衷的感激，如佛家所列舉的四恩：國土護持恩，父母養育恩，師長教導恩，眾生幫助恩等。以及一切對自己有過直接或間接幫助的眾生的由衷的感激。感恩可在睡前進行，以與天地的收藏之氣相應。
如果能把祝願、道歉與感恩隨時付諸行動，變成利益世界與眾生的實在行為，則不但能輔助消除自身的病苦，還可以為在無盡的時空中為自己種下無量的福德。
