第一大願:
經文原文:願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時,自身光明熾然,照耀無量無數無邊世界,以三十二大丈夫相、八十隨形,莊嚴其身;令一切有情,如我無異。
解讀:在其來生得無上正等正覺時,使身體充滿光明,莊嚴美好,而且使眾生也如同自己一樣。
第二大願:
經文原文:願我來世得菩提時,身如琉璃,內外明徹,淨無瑕穢,光明廣大,功德巍巍,身善安住,焰網莊嚴過於日月;幽冥眾生,悉蒙開曉,隨意所趣,作諸事業。
解讀:在其來生覺悟時,身體明淨,功德無量,使眾生得到開示,能夠隨心所欲
第三大願:
經文原文:願我來世得菩提時,以無量無邊智慧方便,令諸有情,皆得無盡所受用物,莫令眾生有所乏少。
解讀:在其來生覺悟時,具有佛教無量的智慧和方便,使眾生得到無窮無盡的可使用的物品。
第四大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若諸有情,行邪道者,悉令安住菩提道中;若行聲聞、獨覺乘者,皆以大乘而安立之。
解讀:在其來生覺悟時,使眾生中有錯誤觀念的人都得到覺悟;使佛教中持小乘思想的人都改宗大乘。
第五大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若有無量無邊有情,於我法中修行梵行,一切皆令得不缺戒,具三聚戒。設有毀犯,聞我名已,還得清淨,不墮惡趣。
解讀:在其來生覺悟時,如果眾多有情皈依佛教修梵行時,都能守戒。如果犯了戒,一旦聽到藥師如來之名,就能得到清淨,免於墮入惡道。
第六大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若諸有情,其身下劣,諸根不具,丑陋頑愚,盲聾喑啞,攣躄背偻,白癞癫狂,種種病苦。聞我名已,一切皆得端正黠慧,諸根完具,無諸疾苦。
解讀:在其來生覺悟時,使那些身有殘疾,形態丑陋,有諸病苦的人,都能身體健康,形態端莊,消除種種疾苦。
第七大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若諸有情,眾病逼切,無救無歸,無醫無藥,無親無家,貧窮多苦。我之名號一經其耳,眾病悉除,身心安樂,家屬、資具悉皆豐足,乃至證得無上菩提。
解讀:在其來生覺悟時,使那些貧病交迫,窮困潦倒,無家可歸者,能夠在聽了藥師如來的名號之後,可以病痛消除,有家有財,身心安樂,獲得無上的覺悟。
第八大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若有女人,為女百惡之所逼惱,極生厭離,願捨女身。聞我名已,一切皆得轉女成男,具丈夫相,乃至證得無上菩提。
解讀:在其來生覺悟時,使那些為女人百惡所逼迫煩惱而不想再作女人者,轉變成男人,並獲得無上覺悟。
第九大願:
經文原文:願我來世得菩提時,令諸有情,出魔罥網,解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林,皆當引攝置於正見,漸令修習諸菩薩行,速證無上正等菩提。
解讀:在其來生覺悟時,使那些墮入魔鬼之網和外道邪見的眾生,都能獲得解脫,接受正見,修菩薩行,達到最高的覺悟。
第十大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若諸有情,王法所錄,繩縛鞭撻,系閉牢獄,或當刑戮,及余無量災難陵辱,悲愁煎逼,身心受苦。若聞我名,以我福德威神力故,皆得解脫一切憂苦。
解讀:在其來生覺悟時,使那些在世俗社會中犯了王法而身陷牢獄,面臨刑罰的人,一聽到藥師如來的名號時,可以擺脫這些災難痛苦。
第十一大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若諸有情,饑渴所惱,為求食故,造諸惡業。得聞我名,專念受持,我當先以上妙飲食飽足其身,後以法味畢竟安樂而建立之。
解讀:在其來生覺悟時,使那些為饑渴逼迫而造惡業者,聽聞藥師如來的名號,得以食飲飽餐,並賦予佛教妙法,使其獲得安樂。
第十二大願:
經文原文:願我來世得菩提時,若諸有情,貧無衣服,蚊虻寒熱,晝夜逼惱。若聞我名,專念受持,如其所好,即得種種上妙衣服,亦得一切寶莊嚴具、華鬘、塗香、鼓樂、眾望。伎,隨心所玩,皆令滿足。
解讀:在其來生覺悟時,使那些因貧困無衣而受苦者,聞聽藥師如來名號,獲得各種上好的衣服以及種種裝飾物和娛樂物品,滿足人的種種願望。