一、 藥師誓願
推動有情流轉生死的力量有業力和願力兩種。眾生因業力而在六道輪回，聖賢則依願力而成佛作祖。因此，想成就佛道首先要發願。說到願力，人們都會想到四弘誓願，但這只是一切菩薩的通願，每位菩薩還有自己的別願，東方琉璃世界教主藥師如來，在因地時曾發了十二大願。
第一生佛平等願：成佛時，願自身光明照耀無邊世界，具三十二相，八十種隨形好，一切有情與我無異。
第二開曉事業願：成佛時，願身如琉璃放大光明，開曉幽冥眾生，作諸事業。
第三無盡資生願：成佛時，願能以無邊智慧方便，令眾生受用無盡，永無乏少。
第四安立大道願：成佛時，願邪道者安立正道，小乘轉大乘。
第五戒行清淨願：成佛時，願一切有情與我法中修行，具三聚淨；既使違犯，聞我名號還能清淨。
第六諸根具足願：成佛時，願身體下劣、諸根不具、盲聾喑?種種疾病有情，聞我名已，端正黠慧，諸根完具，無有病苦。
第七身心康樂願：成佛時，願身患重病有情，聞我名已，健康富樂乃至成佛。
第八轉女成男願：成佛時，願厭惡女身有情，聞我名已，轉成男身，具大丈夫相。
第九回邪歸正願：成佛時，願有情離外道魔網，出惡見稠林，修菩薩道乃至成佛。
第十從縛得脫願：成佛時，願為王法制裁，身心受苦有情，聞我名已，痛苦解脫。
第十一得妙飲食願：成佛時，願食心渴所逼有情，聞我名已，先得美食後餐法味。
第十二得妙衣具願：成佛時，願寒冷無衣有情，聞我名已，先得上妙衣服，後具種種莊嚴具。
十二大願體現了藥師如來的慈悲和偉大。他給予眾生所需要的一切：衣食、健康、娛樂、教育乃至未來的幸福。十二大願與彌陀四十八願顯然不同：彌陀願力是成就極樂國土的莊嚴殊勝，願眾生往生彼國；藥師願力則從有情現世利益出發，貧困的給予衣食，缺陷的令其完善，病患的加以救治，苦痛的施以安樂，邪道的引入正道，墮落的使其超升，從而令人類達到和樂生存的境地，難怪眾生有困難之時總要念藥師如來。
人活著總希望能平平安安的過日子，可有時難免出現災難：比如大自然的水災、火災、風災、地震、人為的戰爭、野獸的侵犯，以及來自幽冥的橫禍，種種不詳和災難給人類帶來了無盡的痛苦，此時，我們倘若能一心稱藥師如來名號，祈求藥師如來的加被，就能消災免難，逢凶化吉。
1、救國土難：一個國家會面臨種種災難，諸如瘟疫流行、敵國侵逼、國內叛亂、星宿變怪、非時風雨、過時不雨等等。此時，只要大家齊心協力地誦念藥師如來名號，建立藥師法會，由此善根和藥師如來的本願力量，就能使國家安寧，風調雨順，谷稼成熟，一切惡相都不顯現。
2、百怪出現難：有人夢中看到種種惡相，或有不詳的怪鳥突然聚集到家中，或者在房屋的住處出現巨響，驟然發生這些不詳的預兆，一定會讓我們忐忑不安。此時如果以眾妙資具恭敬供養藥師如來，惡夢惡相及諸不詳物都能隱沒。
3、一切怖畏難：當水災、刀毒、懸險、惡象、獅子、虎狼、熊罴、毒蛇、蜈蚣、蚰蜒等怖畏現象出現在面前時，如能憶念藥師如來並恭敬供養，一切怖畏都能解脫。
4、女人生產難：女人在臨產時要遭受極大苦痛，如能至心稱念藥師如來句號，禮贊供養，眾苦都能消除，而所生的孩子也能身分具足，相貌端正，見者歡喜，聰明伶俐，安隱少病，無有非人奪其精氣。
人世間的災難都是我們的業力所感，業有共業和不共業。共業是大家都能感受到的，如自然災害所帶來的痛苦；不共業則是唯有個人才能感受的。業由心造，然而，心既能造業也能改變業力，當災難將要來臨時，我們如能改變自己的心態，真誠忏悔，去惡修善，同時至心誦念藥師如來名號，依彼如來本願和功德的力量，就能消災免難；如果三業依然故我，既使誦念供養藥師如來，也是沒有用的。
健康長壽是人人都希望的，但伴隨色身而來的生老病死任何人都不能幸免。有病就不能健康的生活，就面臨著死亡的威脅。面對這一切，我們該怎麼辦？求醫吃藥是一方面，但醫藥治病的能力非常有限，世上許多疑難雜症至今沒有妥善的解決之道，連最高明的醫生也束手無策。此時，我們就應該祈求藥師如來的加持，認真修習藥師法門。
1、持咒治病：咒語是諸佛的秘密語言，有不可思議的力量。經曰：藥師如來為解除一切眾生痛苦，入
“除滅一切眾生苦惱”三摩地，於肉髻中出大光明，光中宣說神咒。如果有人病了，在病人服用的藥食或淨水中，咒一百八遍，給病人服食，病患自然消除；而經常虔誠誦念此咒，還能免除種種病患，獲得健康長壽的果報。
2、修延壽法：雖然人都有一死，但有人壽終正寢，有人意外橫死，所謂橫死是指那些因為特殊因緣而慘遭死亡的人。經中略舉了九種：一、有病不得治療或者治療失誤，病患一天天嚴重，終於導致死亡；二、被王法誅戮；三、喜歡獵獲鳥獸，賭博YIN欲，嗜酒無度，被非人奪精氣死；四、焚死；五、溺死；六、惡獸啖食；七、墮入懸崖山谷；八、被毒藥、咒詛或起屍鬼中傷而死；九、餓死。對於這種種橫死的人，只要色身沒有遭到嚴重破壞，通過修延壽法，可以起死回生，延長壽命。病人生命垂危之時，雖然還臥在病榻上，神識已到閻王所在之處，平生所作業相一一現前。在這危急的時刻，病人的親屬、朋友如能為彼歸依藥師如來，修習藥師法門，經七日乃至四十九天，病人神識就能回到肉體上，如從夢中醒來。
修延壽的儀式：為病者七日七夜受持八分齋戒，辦理飲食資具供養比丘僧，晝夜六時禮拜供養藥師琉璃光如來，讀誦《藥師經》四十九遍，燃四十九燈，造藥師如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量如大車輪，乃至四十九日光明不絕，造五色彩幡，長四十九桀手，放雜類眾生四十九種，以此種種功德度過厄難。
也許有人會提出疑問：佛教講因果，講業力，人的一生是由業力決定的，修習藥師法門又是怎麼改變命運？須知佛教雖講業力，但還講緣起，業力是建立在緣起的基礎上。修習藥師法門是通過自己真誠的忏悔和藥師如來的本願力，改變成熟業力的客觀條件，從而使惡業不再現前。
竺摩法師 ：
這兩法，是指藥師法門與淨土法門。藥師法門是重於現生的消災延壽的，釋尊把這延生法門，付之於藥師如來；淨土法門是重於將來度亡往生的，釋尊把這法門付之於西方的彌陀如來。這兩大法門是佛法大宗，如果弘法的法師不分東西，同時弘揚，並駕齊驅，則學佛之人，延生度亡，各有所托，如車之兩輪，鳥之兩翼，缺一不成，這是最好不過的。古人說：“道不同不相為謀”；今既同為佛為道，自然可以並行不悖，同時並進，興旺佛法，也是眾生的幸福！
在釋尊未說《藥師經》之前，先說《阿彌陀經》，把西方佛國淨土的依正莊嚴已說得很詳細清楚，所以在東方淨土的《藥師經》中，只於學理多點述說，淨土依正莊嚴的事相略為提到吧了。同時這二種法門，在《藥師經》中已見有說法融會不可拘泥的地方。如經中所說：
“曼殊室利，若有四眾苾刍、苾刍尼，邬波索迦、邬波斯加，及余淨信善男子善女子等，有能受持八分齋戒，或經一年，或復三月，受持學處，以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法而未定者，若聞藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰：文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩，是八大菩薩，乘空而來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶花中，自然化生，或有因此生於天上，雖生天上，而本善根亦未窮盡，不復更生諸余惡趣。天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四州，威德自在，安立無量百千有情於十善道。’
從這段經文中，很清楚地告訴我們：如果有念阿彌陀佛的男子女人，持戒修齋，願生西方，親近彌陀，或因功力不足，其心未定，到了臨命終時，若能有福分聽到藥師佛名，或意念藥師佛名號，臨終就有八大菩薩，親來迎接，引導你於西方眾色蓮花之中，自然化生。或因你積善的福分而生天上，不生惡趣；天上壽終再生人間，亦為聖王，教化人民，同行十善法門，使國家和樂，人民安居。由此足證念佛之人要生西方的，亦不必認為念東方藥師佛就不對，或以為念錯了，那完全是自己對佛法思想未曾搞通的錯誤。現在既說聞藥師佛名，臨終就有八大菩薩來導你往生西方，反過來說，你若念藥師佛名，將來要求東方藥師佛的琉璃淨土，或因功力不足，心意未定，若聞阿彌陀佛名號，可能亦來這八大菩薩送你生於東方琉璃世界。本來佛佛道同，十方淨土在聖者境地，應無分別隔離，眾生我見未忘，妄想分別，多生執障，反而畫地自限，弄得自己隔離不融了。六祖惠能曾說：“東方人念佛要生西方，西方人念佛又生什麼地方呢？”我們現在可憑上段《藥師經》意，大膽地答復六祖：“西方人念佛，亦可以生東方淨土。”六祖重禅，意在破除念佛人之執障，那麼我這樣說法，如能會融佛意，想不致於離題太遠，有什麼大過錯的吧！
在《藥師經》中還有一個特別的說法，在其他經中並不多見。他說我們人生下來就有兩個“俱生神”，與生俱來，跟著我們，記載我們一生所作的善惡，一神記善，一神記惡，“隨其所作，若罪若福，皆具書之”，歷歷分明，一絲不紊，到各人臨終之時，此二神負責將此紀錄罪福之書，“盡持授與閻魔法王”，由王憑此紀錄，推算罪福，而判定之。有福者上升，自無問題，造罪者將淪苦處，憂怖萬狀，那時若有在生親戚家眷為他誦經禮忏，忏悔修福，亦可減輕他們業報，所以這《藥師徑》雖然注重延生求福延壽，同時亦注意到亡者的利益，可謂“冥陽兩利，存殁均沾”之寶典。吾人學佛目的為“淨佛國土，成就眾生”，那就不可不注意修習了！
