入座的前行階段:身心狀態、打坐的環境等都要提前准備好。首先觀察自己的心是善念,是惡念、還是無記的狀態。若是善念,一定要保持住;若是惡念,立即要斷掉;若是無記狀態,立即要調整。做皈依、發心,身口意三門都調整好。身調和,最好做毗盧七支坐,身直則脈直,脈直則心直。息調和,最好做九節佛風:左右鼻孔各呼吸三次,兩鼻孔同時呼吸三次,內心觀想呼出貪嗔癡三毒濁氣,吸進智慧的氣。然後做簡單的上師瑜伽,祈禱一切諸佛的總體、一切壇城的主尊——上師,將自己的心和上師的心融為一體。然後,靜靜地坐一會兒,不追隨過去,不迎接未來,不執著現在,讓心安住在這樣的狀態。
入座的正行階段:要具體觀修當前的內容,觀修和靜修輪番進行,觀修時以觀修為主,入座期間不能間斷。先明明了了地觀想皈依境,在皈依境前發自內心地做因皈依、果皈依,發誓發願,立下誓言。對所觀修的內容要仔細具體地反復觀想。觀修累了,可以靜靜地坐一會兒休息,再接著觀,這樣觀修和靜修輪番進行。
入座的後行階段:心裡再次祈禱,立下皈依的誓言,觀想皈依境中的上師三寶、善神護法發光照耀整個法界,令眾生消除了業障、增長了智慧,最後都獲得了三身佛的果位。眾生立即化成光融入皈依境中的本尊和護法體內,本尊和護法都融入上師體內,最後上師化成光融入虛空中,在這樣的境界中靜靜地安坐一會兒。念頭再生起來時,再次觀想皈依境。此時,所有的外器世界都是上師三寶的清淨剎土,所有的內情眾生都是上師三寶的幻化和游舞,一切都清淨圓滿。起座前,再次觀察自己:這一座中的修行是否如法?有沒有生起不好的分別念?若是這一座比較成功,可以隨喜自己,同時也要對治傲慢心,對自己說:“這次是由於宿世修來的福德才有這麼一點兒小小的成就,若是真有這麼好,還要看看下一座表現如何。”若是這一座沒有成功,自己應該猛厲忏悔,同時也要對治內心的悲觀和疲厭,對自己說:“沒關系,若是內心沒有惡分別念,應該早就成就了,不應該還在輪回中。現在生起這些惡分別念,也是上師三寶的加持,讓自己發現相續中這些不好的東西,我以後可以對治它們,慢慢就好了。”最後,念誦回向偈、吉祥偈做回向。