六根，是指生理學的全部范圍。佛教看宇宙人生，既不是唯物論者，也不是唯心論者，更不是唯神論者，乃是主張因緣和合的緣生論者。所以，佛教看一個人的構成，是從心理、生理、物理的三方面來分析的。上面所說的六根是屬於生理學，加上六塵的物理學及六識的心理學，便是一個人的總和，六根、六塵、六識的形成，稱為十八界，十八界的三大類，構成鼎足之勢，相互為用，缺了一類，其他的二類也就不能存在。因為六塵與六識要靠六根的媒介才有作用，六塵與六根要靠六識的判別才有價值，六根與六識要有六塵的反映才有功效。
什麼是六根、六識、六塵
甚麼是六根六塵和六識呢？說起來，很簡單，那就是：眼、耳、鼻、舌、身、意，從心理與物理的媒介功能上說，稱為六根，也就是生理學上的神經官能。眼有視神經，耳有聽神經，鼻有嗅神經，舌有味神經，身有感觸神經，意有腦神經，這些都是心與物的媒介的根本，所以稱為六根。
從六根所接觸的物件上說，稱為六塵，也就是物理學上的各類物質。眼根所見的顏色和形色，耳根所聽的聲音，鼻根所嗅的香臭，舌根所嘗的味道，身根所觸的粗細冷熱與濕滑等，意根思想的稱為‘法’——漪指的極微極遠的無從捉摸的東西，這些就被稱為六塵。
從六根接觸v六塵而產生的判別力與記憶力上說，稱為六識。如果沒有六識而僅有六根與六塵，那就不是活人而是死屍，所以，六識是六根的操縱者，六根是六識用來接觸六塵的工具。
為什麼要稱為六根清淨呢
因為六根是六識的工具，作善作惡，固然是出於六識的主張，造成善惡行為的事實，卻是在於六根的作用。人之流轉於生死輪回的苦海之中，就是由於六根不曾清淨，自從無始以來的一切罪業，均由六根所造，比如眼根貪色、耳根貪聲、鼻根貪香、舌根貪味、身根貪細滑、意根貪樂境；有貪，也必有嗔，貪與嗔，是由無明——煩惱而來，合起來，就是‘貪、嗔、癡’的三毒交加，惡多善少，永無出離生死苦海的日子了。
修持解脫道的工夫，不外戒、定、慧的三學，但是，慧的主要根源是戒與定，所以修持的入門工夫，應從身心的兩方面著手，一是修身，一是修心。把不好的念頭修理掉，稱為修心，修心的主要工夫是禅定；把不好的行為修理掉，稱為修身，所以修身也可稱為修行，修身的主要工夫是持戒，持戒的目的是在守護根門——守衛保護住六根的大門，不讓壞事從六個根門之中溜進我們的心田，以致種下生死流轉的禍苗。
因為，一個凡夫，除了進入禅定的境界而外，就不能沒有妄想，妄想是促成六根造業的導火線，佛教的戒律，就是妄想與六根之間的保險絲或滅火器，在戒律的防衛之下，六根才能漸漸地清淨，一旦到了六根清淨的程度，超凡入聖的境界，也就快要接近了。
所以，一般的凡夫僧尼，只能在戒律的保護下，勉強守住了六根，至於清淨二字，那是談不上的。一般人的觀念，總以為僧尼們只要不犯YIN行，不貪非分之財，不介入人我是非，便算是六根清淨了，事實上，凡是貪逐於物境的受用，總是六根不淨，不論是看的、聽的、嗅的、吃的、穿的、玩的、用的，只要有了貪取不捨的情形，就是六根不淨。因為除了男女及錢財等的問題，都不容易覺察出來，淨與不淨，也就很少有人細心地注意它了。
根據中國天台宗的判斷，六根清淨位，便是五十二個菩薩階位最初十階的十信位，要斷見思二惑——相當唯識宗的分別煩惱與分別所知的二障，這應該是從普通（外）凡夫進入賢位（內）凡夫的階段。
又據法華經及涅盤經中說，能得六根清淨，便可六根互用，所謂六根互用，那是說，六根之中的任何一根。均可兼備其他五根的功能，眼能見色，也能聞聲、嗅香、嘗味等，耳能聞聲，也能見色、嗅香、嘗味等，鼻根、舌根、身根、意根，也是一樣。
六根清淨了，就能六根互用，這在一般的讀者看來，難免會說這是神乎其神的神話。事實上，我們之所以不能六根互用，正因為自己把六根的官能限制住了，也就是說，我們利用六根而執取六塵，六塵充塞了六根，障礙了六眼，六根便成了六塵的奴才，也習慣地成了六塵的應聲蟲，色塵來了，眼根應付，聲塵來了，耳根應付，香塵來了，鼻根應付，舌、身、意根，也是一樣。
如果不是這樣，如果六根不執六塵，六根不受六塵的支配與誘惑，那麼，六根就從六塵之中得到了解脫，解脫了的六根，便是自由的六根，自由的六根，自然可以彼此互用而不分界限了。這個自由的六根，也就是清淨的六根，因為自由的六根雖然仍與六塵打交道，但已不受六塵的引誘而造生死的染污之業，所以稱為六根清淨。
六根 六識 六塵
說得明白一些，所謂六根清淨，不是沒有了六根，而是我們的生理官能，不再隨著外境的幻象而轉，這就叫做一塵不染——但這絕不是等閒的工夫所能辦到的事。
為了便於讀者的記憶，再將六識、六根、六塵的名目，抄錄如下：
一、眼、耳、鼻、舌、身、意——六識。
二、眼、耳、鼻、舌、身、意——六根。
三、色、聲、香、味、觸、法——六塵。
六識發動六根而接觸六塵，六塵映入六根而由六識判別及記憶保存，再從六識的記憶保存中顯現出來，發動六根貪取六塵，就這樣交互回還而造成生生死死之流，六根清淨的目的，便在斷絕並超越這一生生死死的生命之流。
“六根”是眼、耳、鼻、舌、身、意。根有能生的意思，也就是說六根能生六識。
“六塵”是色、聲、香、味、觸、法。是六根所緣的外境，因能染污人們的心靈，所以叫六塵。
“六識”是眼識、耳識、鼻識、舌識、身識、意識。六根對六塵而產生見、聞、嗅、味、覺、思的了別作用就是六識。六根、六塵、六識合起來稱為十八界。
五蘊
(一)色蘊（梵ru^pa -skandha ），即一切色法之類聚。
(二)受蘊（梵vedana^ -skandha ），苦、樂、捨、眼觸等所生之諸受。
(三)想蘊（梵sam!jn~a^ -skandha ），眼觸等所生之諸想。
(四)行蘊（梵sam!ska^ra -skandha ），除色、受、想、識外之一切有為法，亦即意志與心之作用。
(五)識蘊（梵vijn~a^na -skandha ），即眼識等諸識之各類聚。
十二因緣
什麼叫做十二因緣呢？
一、無明，二、行，三、識，四、名色，五、六入，六、觸，七、受，八、愛，九、取，十、有，十一、生，十二、老死。
一、無明：指人們心中無明煩惱，晦昧空境，無所明了，昏擾擾相，以為心性最初一念叫做生相無明，無明是粗細煩惱迷惑妄心，是分段生死與變易生死的根源。同時也是涅槃解脫，菩提寂靜的根本。《楞嚴經》對於真妄二種根本道理，講得十分透徹。
無明煩惱
二、行：行是業行，因為有了無明迷惑妄心，所以於諸法本來無我妄執有我，本來無法可得，妄執有法。因有我法二執，就起惑造業，就有了業行。無明緣行，是過去惑業的因。
三、識：一剎那之間在父母面前，看到現前欲境，就生起一念愛心，為受生的種子，納於父精母血之中，而為胞胎。
四、名色：指心法與父精母血的色法，和合成為我們的身心。
五、六入：六入就是人的眼、耳、鼻、舌、身、意六根、因為六根能入於六塵，又為色、聲、香、味、觸、法六塵所入，六根六塵，互相涉入。譬如眼根能夠見色，就入於色塵，其他諸根也是這樣的，所以叫做六入。
六、觸：三和合是觸，因為有了六根，它就能夠感受和觸對六塵境界。觸是十二因緣中十分重要的一支，能觸是根，所觸是境。環境的好壞，就會聯系到我們根的感受，所以古人說：‘近朱者赤，近墨者黑。’例如孟母，她為什麼要選擇鄰居呢？這都是充分表明了客觀的環境，對我們人主觀的意識是起極大的作用。我們經常能夠親近高賢、或大善知識，時時受到至理嘉言的薰陶，那一定是天天向上，步步前進。如果因緣成熟，經常能在名山古剎清淨道場，安心居住，時時刻刻常受佛教的薰陶，即能：‘名山久住道心生。’清淨佛地，因緣殊勝。對於所觸的環境《遺教經》說：‘當制五根，勿令放逸於五欲，譬如放牛之人，執杖視之，不令縱逸，犯人苗稼。若縱五根，非唯五欲，將無涯畔，不可制也。又如惡馬，不加控制，將牽人墜於坑阱。’能夠把住這個觸的大關，是一件重要的大事。
七、受：根塵相互觸對，一定就會接受所觸對的塵境，譬如我們的耳根，對聲塵，就會接受各種聲音，如笙箫鼓樂，同時演奏，我們就會同時接受，而且層次分明，清楚明白。以上識、名色，六入、觸、受，是現在世的五支苦果。
八、愛：愛是貪愛，六根既然領受六塵，對於所接之境，妄生思量分別，對於稱意的就歡喜，便生貪愛之心，不稱意的就生煩惱厭惡之心。這個貪愛和厭惡之心，它是眾生六道輪回的生死根源，發心學佛修行，就是要修這個妄想心。《金剛經》說：雲何應住，雲何降伏其心？也就是用金剛般若妙智來回光返照降伏妄想。要令它對境不生愛染之心，不起分別之念，心如枯木寒灰，意似寒潭死水，一念不生，萬慮俱寂，這就是‘一刀斬斷煩惱因，雙腳踢開業障苦’。記得古德說：‘鐵牛哪怕獅子吼，恰似木人看花鳥，但自無心於萬物，何妨萬物常圍繞’。這裡最為吃緊的是無心二字，就是六根對六塵不生貪愛之心，一心念佛或照顧話頭，就能降伏其心。日久月深，功夫自然成熟。古人贊無盡意菩薩說：‘世界無邊塵擾擾，眾生無數業茫茫，愛河無底浪滔滔，是故我名無盡意。’說明愛的作用很大，愛有喜、怒、哀、樂、愛、惡、欲的七種情念。一、喜，成就我所愛的，心中就歡喜。二、怒，奪了我所愛的，心中就要發怒。三、哀，失去我愛的，心中就生悲哀。四、樂，得到我所愛的，心中就生快樂。五、愛，一切環境，對我有利的，心中就生起貪愛，貪得無厭的妄念。六、惡，違背我所愛的，心中就生厭惡。七、欲，順從我所愛的，心中就生貪欲。依此看來，愛的確是生死的根本，煩惱的首惡。古人說：‘踏斷腳下紅絲線，跳出紅蓮大火坑’。什麼是腳下紅絲線？就是這個愛字。
九、取：既愛了所貪的五欲境界，就想盡辦法把它攫取過來，隨心所欲的為我享受，多多益善，貪得無厭，毫無疑問，就會做出種種惡業，如果感到違反我所貪愛的環境，就橫生忿恨，不顧一切，任意胡為做出許多罪業，所以說取是罪魁禍首，我們要時刻把住這個取的關口，能夠斷除煩惱因。可以免受生死苦，這個取和上面的愛以及最初的無明，這三支叫做煩惱的迷惑因。
十、有：有就是因果不昧的有，對於所愛之境，將其取來，對不愛之境，把它捨掉，因此就做出種種業，真是業海茫茫，苦惱無量，有業因一定招感業果，因果定律，絲毫不錯。愛、取、有三支是於現世造作的未來三支苦因。
十一、生，根據愛、取、有三支苦因，依因感果，又出世投生。
十二、老死，凡有生，一定就會由少而長，由長而壯，由壯而老，步步向前邁進，最後走向死亡的道路，這是不可抗拒的客觀規律。世界每個人的生老病死苦，正如釋迦牟尼佛未出家之前，游四門時看到的那樣，真是令人感到萬分痛苦。而且這種痛苦，我們每人都是無法解決的，這是由於現在的愛取有三支苦因，而感招未來世的生、老、病、死的苦果。古人有一首偈語：過去二支因，現在五支果，現在三支因，未來二支果。概括的說明了十二因緣三世二重因果，佛對緣覺人說這十二因緣法門，就是揭示過去、現在、未來三世的因果輪回循環的規律。總的說來就是無明緣行、行緣識、識緣名色、名色緣六入、六入緣觸，觸緣受、受緣愛、愛緣取、取緣有、有緣生、生緣老死。古人有四句偈：‘無明愛取三煩惱，行有二支為業道，從識至受並老死，如是七事為苦道。’是說十二因緣為惑業苦三道流轉的道理。
